微生物污染一般情况下出现在反渗透系统停机期间。尤其是以海水、地表水、中水等为进水水源的反渗透系统中，发生微生物污染时还会存在有机污染的可能。微生物感染要在感染初期尽快清洗，否则感染严重形成生物膜，只能采取更换膜元件的方式了。 反渗透膜出现微生物污染的症状主要有： 1、 污染出现在所有段，一、二段压差增加； 2、 产水量明显下降 3、 产水电导无明显变化 4、 最明显的特征就是压差增加。
